宁采臣（张国荣 饰）与燕赤霞（午马 饰）将聂小倩的骨灰安葬后分道扬镳，回到人间却发现世道更显黑暗：奸臣当道，朝政腐败，百姓苦不堪言。宁采臣途经黑店险遭杀害，又被捕快误抓入狱，在狱中结识了故作疯癫的诸葛卧龙（谷峰 饰），得其点拨后卷入一桩离奇案件。出狱后，宁采臣偶遇与聂小倩容貌酷似的忠臣之女傅清风（王祖贤 饰），两人因命运牵连产生情愫。与此同时，以普渡慈航（刘洵 饰）为首的妖僧势力正暗中操控朝堂，实为修炼千年的蜈蚣精。为救清风、破妖法，宁采臣与道士知秋一叶（张学友 饰）联手追查，却发现慈航竟能幻化如来法相，妖力滔天。最终，宁采臣在诸葛卧龙留下的卷宗中寻得线索，与傅清风一同击破妖僧阴谋，令世间重归清明。影片延续前作奇幻风格，以人妖情缘贯穿乱世讽喻，展现小人物于浊世中坚守本心的执着。