C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT因“染血的情人节”悲剧全面开战。C.E.71年6月，联合军悍然进攻中立国奥布，少年真·飞鸟在战火中失去父母与妹妹，绝望之际被ZAFT收留，成为最新锐MS“脉冲高达”的驾驶员。两年后，PLANT与地球联合的停战协定被打破，ZAFT新“军械库”遭间谍袭击，真与同伴迎战来敌。而失踪的基拉·大和驾驶自由高达现身，令局势骤变。真在复仇与忠诚中逐渐迷失，被议长吉尔伯特·迪兰达尔利用为“命运”的棋子。最终，真相与信念的对决爆发。真与基拉、阿斯兰携手击破“镇魂曲”，终结了迪兰达尔的野心，新一代战士在血与泪中找到了自己的道路。