故事始于小新在河堤偶然捡到一瓶不明液体，好奇之下带回家放进冰箱。谁知美伢和广志在不知情的情况下喝下药水，隔天竟分别变成母鸡和狮子！惊慌失措的野原家还没来得及弄清状况，小新也因接触药水变成小象，连小白都遭了殃。原来，这是神秘环保组织“斯科普”的阴谋，他们企图利用“人类动物化计划”将全人类变成动物，以“保护地球”。该组织嗅觉灵敏，循着野原家的气味追来，强行将全家掳走，带入隐藏在深山中的巨大设施——春日部野生王国。在那里，小新结识了同样被迫变异的动物们，也得知组织首领的疯狂目的。为了拯救父母、小白和所有被囚禁的人类，小新鼓起勇气，与春日部防卫队的小伙伴们里应外合，利用灵活的身手和意想不到的“象鼻子”能力，展开一场前所未有的逃亡与大作战。在啼笑皆非的混乱中，野原一家和朋友们能否粉碎阴谋，让春日部恢复和平？