双叶幼稚园的孩子们正开心地在海边船屋玩耍，突然神秘女子美色现身，随后一艘巨型飞船从天而降，将整个船屋连根吊起。慌乱中，风间与小新来不及逃脱，被一同带走。原来，这是邪恶组织“猪之蹄”的阴谋，他们企图利用神秘力量征服世界。为了救回被绑架的伙伴，小新和风间与偶然结识的美色联手，潜入敌人的基地。途中，小新依然不改搞怪本色，用屁股舞和动感超人玩具闹出无数笑话，却也凭借歪打正着的运气一次次化险为夷。他们发现，组织首领正在利用一种名为“猪之蹄”的恐怖武器，而启动钥匙竟绑在一只小猪身上。随着冒险深入，小新与伙伴们逐渐揭开敌人的真实目的，并展开最终对决。小新用他独特的“超强直觉”和无所畏惧的勇气，在混乱中破坏了敌人的计划。最终飞船坠毁，世界恢复和平，而美色的身份也意外揭晓。整个故事充满无厘头爆笑动作场面，同时传递出友情与正义的温暖主题，是蜡笔小新剧场版中极具代表性的经典之作。