《机神大战 巨型方程式》的故事始于一场被称为“赤道之冬”的全球性灾难，人类文明几乎毁灭。幸存者为了争夺新世界的领导权，决定不再使用大规模杀伤武器，而是通过巨型机器人“Gigantic”之间的对决来裁定胜负。各国纷纷派出自己的代表机体，而日本则选出了一台名为“须佐之男”的古老机甲。驾驶这台机体的，是年仅13岁的少年州倭和14岁的少女真名濑。两人本是被命运选中的“适格者”，却对这场决定人类未来的战争知之甚少。随着战斗不断升级，他们逐渐发现，所谓的“方程式”背后隐藏着更大的秘密——每一场对决都在消耗地球的残余能量，而幕后的组织者似乎另有企图。州倭与真名濑必须一边在生死战斗中磨炼默契，一边揭开真相。他们不仅要面对来自世界各地的强大机体，还要在阴谋与牺牲中寻找真正的希望。一部关于少年少女与巨大机器人羁绊的史诗，就此展开。