牧野推开Game研室的门，发现水无濑和香住双双倒地不醒，慌忙将二人送医。然而只有水无濑恢复了意识，医生称她受到某种强烈音波刺激，香住却仍陷昏迷。这个“音”成为唯一线索，让水无濑深陷迷惘，甚至中断了日常的小提琴练习。上学路上，她遇到自称前来调查的德冈纯一郎。对方言语间暗示事件与网络世界“骇客时空”有关，水无濑起初回避，却在校园中再次与德冈相遇。德冈出示的资料显示，昏迷的香住可能被困于虚拟领域，而那个引发一切的“音”正是通往真相的钥匙。面对德冈的追问与自身强烈的好奇，水无濑决定不再逃避。她重返Game研室，试图复现当初的音波，却意外触发了与现实交织的异变。未知的时空法则向她敞开，而香住的意识究竟沉睡在何处？水无濑必须深入骇客时空，才能揭开境界性的秘密。