《真夜中的雨》以泉田医院为舞台，描绘理想主义医生都仓在现实与信念间的挣扎。他因抗拒大学医学院的僵化作风，跳槽至以实力论报酬的泉田医院。上任首日，他违背院方命令，接收了被女警由希子近距离射伤的强盗及川。这一决定不仅让他成为医院内部权力斗争的焦点，也牵出他与由希子之间深埋的渊源。随着手术与调查的推进，都仓发现及川案背后藏着更黑暗的真相，而由希子始终被枪击创伤与自责困扰。两人在追索真相的过程中逐渐靠近，却不得不面对医院高层、警方内部以及各自过往的重重阻挠。雨中交织的罪与罚、救赎与信任，在医疗现场与人性的灰色地带徐徐展开。