海绵宝宝一直因个子小而被人当作“小不点”，为了证明自己的勇气，他决定追随传说中的幽灵海盗“飞天魔鬼”，踏上前往深海的冒险之旅。途中，他遇到了形形色色的海洋生物，也经历了风暴、漩涡和神秘遗迹的重重考验。在冒险中，海绵宝宝发现飞天魔鬼并非真正的恶徒，而是被诅咒困在深海的老船长。他凭借乐观与善良，帮助飞天魔鬼解除了诅咒，也意外得知了勇气并非来自外表或力量，而是来自内心深处的责任心。最终，海绵宝宝带着宝藏和故事回到比奇堡，蟹老板对他刮目相看。他不再是那个需要被保护的小海绵，而是真正敢于直面未知的勇士。影片以轻松幽默的方式，传递了自我认同与勇敢追梦的温暖主题。